Cajamar é um termo da língua indígena pertencente à família tupi-guarani, mais especificamente do tronco tupi, que significa "fruto colorido e manchado". Esse fruto seria o produzido pelo araçá, árvore que já fora abundante na região e, portanto, a motivação para a adoção do nome.

Segundo o ex-prefeito de Santana de Parnaíba, Antonio Branco, para atender o que fora exigido em lei, ele fizera uma pesquisa para a alteração do nome distrital de Água Fria, já que ele era o secretário da prefeitura de Santana de Parnaíba. Dessa forma, analisando os documentos locais, observou, em um antigo mapa, que um conjunto de terras localizados nos arredores do distrito, possuía o nome "Cayamar". Visando a pronúncia, substituiu a letra "y" por "j". A crença era de que o nome, na verdade, derivava do sobrenome de um bandeirante, habitante da região, Manuel Callamares.

Formação inicial (década de 1920)
O nascimento de Cajamar é atribuído à implantação, na década de 1920, de uma fábrica de cimento, a Companhia Brasileira de Cimento Portland, genericamente reconhecida como a primeira de seu tipo no Brasil. Ela foi responsável pelo produto utilizado para a edificação de boa parte da metrópole de São Paulo. Se situou em Perus, nos arredores da Estrada de Ferro Santos-Jundiaí, a fábrica, uma vez que o local apresentava grande disponibilidade de matéria-prima - o minério das pedreiras do distrito de Água Fria, pertencente a Santana de Parnaíba. Através da Estrada de Ferro Perus-Pirapora, que nunca chegou ao município de Pirapora do Bom Jesus, mas ligava Perus (SP) ao distrito de Água Fria.

Na década de 1930, alguns dos trabalhadores da companhia já estavam morando em algumas regiões da cidade. Destacam-se, o extinto bairro do Gato Preto, e o atual centro da cidade. A exploração do minério na cidade deu origem aos primeiros núcleos habitacionais, as residências dos trabalhadores.

A intervenção estatal no controle de preços do cimento obrigou a companhia, estrangeira, a vender sua empresa em 1951. O Grupo Francesco Matarazzo, o Grupo Votorantim e José João Abdalla, à época, secretário do Trabalho de Ademar de Barros demonstraram interesse na aquisição da mesma. Em conclusão, a Cimento Portland foi adquirida pelo Grupo JJ Abdalla.

Formação administrativa (1938-1959)
Diante do visível crescimento da região, em 11 de março de 1938, por meio do decreto-lei estadual 9775, foi criado um distrito na cidade de Santana de Parnaíba, com o nome de Água Fria. 6 anos depois, como já havia um distrito com o mesmo nome na cidade de São Paulo, o nome do distrito parnaibense de "Água Fria" foi alterado para Cajamar, por meio de outro decreto-lei estadual, o 14334, datado de 30 de novembro de 1944.

Diante da necessidade clara de se constituir uma região administrativa autônoma no distrito, surgiu um movimento pela emancipação de Cajamar, liderada por Waldomiro dos Santos. Ele reuniu 125 moradores do distrito de Cajamar, organizou um abaixo-assinado, e redigiu o documento que pleiteava sua autonomia política. Em abril de 1958, o abaixo-assinado foi reconhecido pela Justiça Eleitoral de São Paulo e encaminhado para a Assembleia Legislativa do Estado de São Paulo, que, por sua vez, promulgou uma lei autorizando a criação de 69 novos municípios, entre eles, a cidade de Cajamar, separando-a de Santana de Parnaíba. Trata-se da Lei n. 5.285 de 18 de fevereiro de 1959.

As primeiras eleições para prefeito, vice-prefeito e vereadores dos municípios criados realizaram-se naquele mesmo ano, e as novas autoridades tomaram posse no dia 1 de janeiro de 1960.

Início da era moderna (1960-1990)
Greve da CBCPP (1962-1983)
Em 1962, funcionários da Companhia Brasileira de Cimento Portland Perus, assim como os das mineradoras de calcário, em Cajamar, pertencentes a família Abdalla, reivindicavam o pagamento dos salários atrasados, além do cumprimento de acordos e reajuste e pagamento da crédito para as casas próprias, dentro do período de dois anos. Diante disto, no dia 14 de maio de 1962, os trabalhadores constituíram uma greve geral, que durou 99 dias, e paralisou a maior fábrica de cimento da América Latina.

E no dia 21 de agosto de 1962, no centésimo dia, muitos trabalhadores voltaram ao trabalho por influência da deputada estadual Regina Maura, que na época, frequentava a região para convencer os operários a retornar ao trabalho com base em acordos. Diante disto, haviam trabalhadores que não aceitavam o retorno ao trabalho. Formaram-se, então, dois grupos distintos, os Pelegos e os Queixadas. Os pelegos foram os que aceitaram os acordos, e voltaram ao trabalho em regime de quase escravidão. E os queixadas foram os que, dos mais de mil grevistas, cerca de 700, considerados 'indesejáveis' pela administração da companhia, foram impedidos de voltar ao trabalho, os que o levou a formar resistência.

O Departamento de Ordem Política e Social (DOPS), no dia da volta do trabalho, foi procurar os grevistas dentro de suas casas (a grande maioria, fornecidas pela própria companhia de cimento). Houve uma ocupação militar em Perus, e em Cajamar, local das mineradoras.

Ao longo de 1962, houve diversas manifestações e greves de fome, no centro de São Paulo e na residência oficial do governador do estado, Carvalho Pinto. Sem acordos feitos, em janeiro de 1963, o 'Sindicato dos Queixadas' entrou com uma ação para reintegrar os trabalhadores a fábrica. O Grupo Abdalla negou, justificando abandono de emprego, além de solicitar despejo das vilas residenciais que a fábrica construiu, mandando cortar água e luz nas mesmas.

Os queixadas permaneceram em greve por cerca de sete anos, com perseguição policial, além de ficarem sem trabalho, e, por muitas vezes, num estado de quase miséria.

O dono da fábrica, Abdalla, foi denunciado por corrupção, e a greve foi legitimada pelo governo militar em 1957, quando os trabalhadores foram reintegrados a empresa, e Abdalla foi condenado a pagar os salários dos 7 anos de greve. Em 1975, o governo federal teve que pagar os salários dos 2448 dias de paralisação.

Depois de muitas denúncias, protestos e pressão popular, a fábrica foi fechada em 1983, graças a poluição e a contaminação do ar causada pelas chaminés, além das péssimas condições de trabalho. Porém, as mineradoras em Cajamar continuam funcionando até hoje, sendo as principais a Votorantim, em Cajamar-Centro, e a Pedreira Anhanguera, na Rodovia Anhanguera.

Potência logística
Atualmente, a cidade tem se tornado um importante polo logístico do país, contendo 1,3 milhão de metros quadrados de galpões logísticos. Sendo conhecida como "Faria Lima dos Galpões", Cajamar atraiu atenção de grandes varejistas e transportadores do Brasil, que nos últimos anos, instalaram seus CDs no município, principalmente com o advento do comércio eletrônico.

Aparição em anime
O anime japonês Great Pretender, lançado em junho de 2020 pela Netflix, teve uma aparição da cidade de Cajamar, onde os personagens Seiji e Kim tentam enganar um empresário local, discutindo a venda e o desenvolvimento de propriedades de terra na cidade.[14] Apesar de estar dentro da zona de remanescentes de mata atlântica, Cajamar é retratada no anime como um deserto.